Эмиль Михайлович Айзенштейн проработал во ВНИИСВ 23 года. Вся его творческая жизнь в институте была связана с полиэфирными волокнами, где он успешно руководил одним из ведущих технологических подразделений: с 1964 года - лабораторией, а с 1974 года – отделом полиэфирных волокон.  
Э. М. Айзенштейн  являлся непосредственным участником и научным руководителем практически всех исследовательских работ,  связанных с разработкой технологических процессов получения большого ассортимента  ПЭФ волокон и нитей.
Значителен вклад Э.М. Айзенштейна в разработку теоретических основ процессов производства полиэфирных волокон и нитей. Им исследованы и обоснованы оригинальные физико-химические приемы их получения, направленные на совершенствование технологического процесса. Результаты научных исследований легли в основу его кандидатской (1965 г.), а затем и докторской диссертаций (1984 г.). 
 Научную работу Э.М. Айзенштейн всегда умело сочетал с преподавательской деятельностью. 15 кандидатов наук во много обязаны своими успехами наставничеству Эмиля Михайловича. В 1986 году ему было присвоено звание профессора.
Список опубликованных научных работ профессора Айзенштейна включает более 500 наименований, в том числе 70 изобретений, более 280 научных статей, 60 обзоров, 80 тезисов докладов и 5 монографий.
Вклад Э.М. Айзенштейна в развитие промышленности химических волокон отмечен орденом «Дружба народов», знаками «Почетный химик» и «Отличник химической промышленности», семью медалями ВДНХ СССР. В 1995 году ему было присвоено почетное звание «Заслуженный деятель науки и техники РФ».